Юридическое лицо должно перечислять деньги за оказанные услуги самозанятому в соответствии с договором. Несмотря на расчеты с физическим лицом, вы не должны удерживать с суммы НДФЛ и перечислять его в налоговую. Также не нужно перечислять страховые отчисления. Налог с дохода самозанятый платит сам. Никаких дополнительных расходов, кроме оплаты самой услуги, у юр лица нет.
Вопросы, связанные с отчислениями можно дополнительно обговорить и прописать в договоре. Например, когда заключаю договор с юридическим лицом на
разработку сайта, я прописываю в договоре, что при выплате вознаграждения обязанность уплаты страховых взносов лежит на Исполнителе, то есть на мне.